El problema de circunscripciones autonomicas, es que hay comunidades muy pequeñas, como La Rioja, Navarra, Murcia, Asturias, Extremadura, Cantabria... en las que el sistema seguiría perjudicando a las minorias.
En cuanto a las circunscripciones nacionales, podría darse el caso de que en el parlamento no estuviesen representadas ciertas regiones, lo cual perjudica la representatividad.
A mi me ha gustado mucho una formula propuesta por la universidad de Granada y publicada tb en el país.
La asignación de los escaños a los partidos se hace en tres fases.
Primera fase.
En cada circunscripción se asignan, a los diferentes partidos o coaliciones,
los escaños de esa circunscripción que le correspondieron en el reparto de
los primeros 350 en proporción a los votos. Para este reparto se usará el
método d’Hondt.
Segunda fase: proporcionalidad.
Se asignan 380 escaños a los partidos en función de sus votos totales, pero
garantizando a cada partido un número mínimo de escaños igual al obtenido
en la fase primera. Para este reparto proporcional con mínimos se usa el
método d’Hondt.
Tercera fase: gobernabilidad.
Se asignan 420 diputados en proporción al cuadrado de los votos totales de
los partidos, pero garantizando a cada partido (o coalición) un mínimo de
diputados igual al obtenido en la fase segunda. El resultado de este reparto
es el número total de diputados que recibe cada partido o coalición.
Los resultados son muy equilibrados y no perjudican la representatividad, ni la gobernabilidad por lo que podría ser apoyado por todos los grupos parlamentarios.
http://www.ugr.es/%7Esistemaelectoral/resumen.htm