La hipoteca de amortización libre es una buena opción, si eres una persona sensata y que no se gasta cada euro que pilla... y para nada sale más caro, si tú amortizas el 1 de enero pagarás menos intereses, y si amortizas el 31 de diciembre pagarás más.
En cuanto a la comisión que comentas, la verdad es que un 0,25% por algo que probablemente no pagues nunca, y si lo pagas será una sola vez y por una cantidad significativamente inferior, es una miseria... no vale la pena ni tenerlo en cuenta.
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